Die CAJ ist komplett demokratisch organisiert. Die Orts- und Arbeitsgruppen wählen Vertreter*innen für die Diözesankonferenzen. Sie entscheiden über alle wichtigen Belange des Verbandes und wählen die Verbandsleitung sowie die hauptamtliche Geschäftsführung. Die ehrenamtliche Verbandsleitung ist der hauptamtlichen Geschäftsführung unmittelbar vorgesetzt und entscheidet über Finanz- und Personalfragen. Das Ziel ist es, die CAJlerinnen im Lauf der Zeit auf das Wahrnehmen politischer Partizipationsmöglichkeiten vorzubereiten. Das geschieht im Kleinen innerhalb der Arbeitskreise und Ortsgruppen, oder im Großen auf der Ebene der Diözesankonferenz.
Inhaltliche Schwerpunkt-Arbeitsgruppen können bei uns in Form von TATorten oder Projekten gegründet werden und sind stimmberechtigt in der Diözesankonferenz.
Die Ortsgruppen schicken je nach Gruppengröße Delegierte zur Diözesankonferenz. Die Delegierten aus Gruppen, TATorten und Projekten sind neben der Diözesanleitung stimmberechtigte Mitglieder der Konferenz. Außerdem ist die KAB als unser Partnerverband mit zwei Stimmen vertreten.